Se deben cumplir las tres fases siguientes:

• Planificación
  Se inicia con el compromiso formal de la Alta Dirección y la constitución de un Comité responsable de conducir el proceso. Comprende además las acciones orientadas a la formulación de un diagnóstico de la situación en que se encuentra el sistema de control interno de la entidad con respecto a las normas de control interno establecidas por la CGR, que servirá de base para la elaboración de un plan de trabajo que asegure su implementación y garantice la eficacia de su funcionamiento.
• Ejecución
  Comprende el desarrollo de las acciones previstas en el plan de trabajo. Se da en dos niveles secuenciales: a nivel de entidad y a nivel de procesos. En el primer nivel se establecen las políticas y normativa de control necesarias para la salvaguarda de los objetivos institucionales bajo el marco de las normas de control interno y componentes que éstas establecen; mientras que en el segundo, sobre la base de los procesos críticos de la entidad, previa identificación de los objetivos y de los riesgos que amenazan su cumplimiento, se procede a evaluar los controles existentes a efectos de que éstos aseguren la obtención de la respuesta a los riesgos que la administración ha adoptado.
• Evaluación
  Fase que comprende las acciones orientadas al logro de un apropiado proceso de implementación del sistema de control interno y de su eficaz funcionamiento, a través de su mejora continua.